Eurojust teeb riiklike asutustega kootööd väga erinevate raskete ja keerukate piiriüleste kuritegude korral, mis hõlmavad kaht või enamat riiki. Amet juhib õigusalast reageerimist Euroopas esilekerkivatele ohtudele, võimaldades liikmesriikidel püsida kurjategijatest sammu võrra ees ning keskendudes peamiselt kuritegelikele organisatsioonidele. Sageli hõlmavad Eurojustile edastatud juhtumid mitut kuriteoliiki.

Prioriteetsed kuriteoliigid on:

• terrorism
• küberkuritegevus
• inimkaubandus
• narkokaubandus
• ELi finantshuvide vastased kuriteod
• rändajate smugeldamine
• keskkonnakuriteod
• rahapesu
• kelmus ja pettus

Eurojust pakub spetsiaalselt kohandatud operatiivtuge piiriüleste kriminaaluurimiste kõigi etappide vältel, tagades

• kiire reageerimise;
• erakorralise koordinatsiooniteenistuse, mis töötab seitse päeva nädalas ööpäev läbi;
• ühenduse teiste riikide kolleegidega;
• abi õigusalase koostöö taotluste ettevalmistamisel, sh ametlikud tõlked.

Lisaks haldab Eurojust keerulisi abivorme ja koordineerimismehhanisme, mida võib suurte operatsioonide toetamisel vajaduse järgi kombineerida. Näiteks suudab amet:

• koordineerida paralleelseid uurimisi;
• korraldada koordineerimisnõupidamisi, kaasates asjaomaseid kohtuameteid ja õiguskaitseorganeid;
• luua ja/või rahastada ühiseid uurimisrühmi, milles kohtuametid ja õiguskaitseorganid teevad riigiülestes kriminaaluurimistes koostööd kahe või enama riigi vahel sõlmitud õiguskokkulepete alusel, ning
• kavandada reaalajas koordineerimiskeskuste kaudu juhitavaid Eurojusti ühistegevuspäevi, mille käigus riiklikud asutused võivad pidada kinni kurjategijaid, likvideerida kuritegelikke organisatsioone ning arestida vara.